Teknologi EM pertama kali dikembangkan oleh Prof. Dr. Teruo Higa dari Universitas Ryukyus, Jepang pada tahun 1980. EM merupakan kultur campuran dari mikroorganisme fermentasi (peragian) dan sintetik (penggabungan) yang bekerja secara sinergis (saling menunjang ) untuk memfermentasi bahan organic. Bahan organic tersebut berupa sampah, kotoran ternak, serasah, rumput dan daun-daunan. Melalui proses fermentasi bahan organic diubah kedalam bentuk gula, alcohol dan asam amino sehingga bisa diserap oleh tanaman. Dewasa ini Teknologi EM telah diterapkan secara luas dalam bidang pertanian, kehutanan, pengolahan limbah dan kesehatan.

Teknologi EM di Indonesia telah dimasyarakatkan kepada petani sejak tahun 1993, setelah dilakukan usaha-usaha penelitian dan pengujian dalam skala terbatas oleh lembaga penelitian swasta dan universitas dari tahun 1990 sampai 1993. Usaha pemasyarakatan Teknologi EM di Indonesia pada awalnya diprakarsai oleh yayasan Indonesian Kyusei Nature Farming Societies, yaitu sebuah lembaga non pemerintah yang bergerak dalam bidang penelitian dan pengembangan pertanian akrab lingkungan yang berkelanjutan dengan masukan biaya rendah.